Para lograr cumplir su misión y realizar su visión, A&R-IIAI ha priorizado cinco objetivos:

Vitalizar los intercambios de información e iniciativas de investigación aplicada entre centros de investigación e investigadores en Perú y otros países de la región.

Articular mecanismos de diálogo y colaboración Estado-empresa-sociedad, a efectos de alinear la agenda de investigación e innovación con los requerimientos y/o potencialidades de Perú y otros países de América y de la cuenta Asia-Pacífico.

Priorizar y conducir una agenda de investigación de frontera, en colaboración con redes y centros de investigación en Asia-Pacífico.

Contribuir a dinamizar mecanismos de difusión y aplicación de resultados de investigación aplicada en que A&R participe.

Impulsar innovaciones que tengan como propósito un desarrollo sustentable de la sociedad y la economía, así como el cuidado del patrimonio forestal de la Amazonía.